Текущий анализ нейронных стволовых клеток с помощью программного обеспечения Altami Studio
Про нашу программу Altami Studio написал статью адъюнкт-профессор научно-исследовательской лаборатории в университете Калифорнии.
Я адъюнкт-профессор научно-исследовательской лаборатории в университете Калифорнии. Наша лаборатория проводит исследования по созданию различных типов нейронных клеток. Для захвата изображений в реальном времени наша лаборатория использует инвертированный микроскоп Olympus (IX70), подключенный к камере Blackfly U3-23S6C 2.3 MP Color USB3.0. В камере Sony IMX249 встроен датчик, чтобы захватывать как яркие, так и засвеченные изображения. К сожалению, программа PGR (Flycapture) не совсем подходит для микроскопии. Поэтому мы искали альтернативное программное обеспечение, как для захвата, так и для измерений в изображении, которые имеют важное значение для наших исследований. Наш поиск привел нас к ПО Altami Studio, разработанному компанией Альтами. Данное программное обеспечение лучше всего подходит для наших потребностей, так как оно разработано специально для применения в микроскопии. Мы протестировали программное обеспечение, чтобы оценить его применимость и совместимость с нашим микроскопом и камерой FLIR (Point Grey).
Первое, что мы обнаружили, было то, что при установке, ПО легко распознает камеру. Это является хорошим знаком, а значит программное обеспечение совместимо с этой серией камер. Это значительно упростило нам задачу, так как у нас не возникло никаких неисправностей. Программа Altami Studio не только выявляет основные параметры камеры, она также легко идентифицирует различные совместимые режимы, включая режим 2х2 сегментирования, а также режим 0 и режим 7 камеры (см. рисунок ниже).
Захват и калибровка
Наша команда отмечает простоту в использовании данной программы, по сравнению с той программой, которая идет в комплекте с камерой Point Grey Research/FLIR. Она захватывает статические изображения, а также, если требуется, осуществляет замедленную съемку. При помощи микрометра мы легко настроили различные калибровочные файлы для различных целей камеры, а также режимы камеры, что представлено на изображении выше. Таким образом, мы можем легко применить калибровку к отдельным изображениям во время или после захвата. Это пригодилось для обоих измерений между точками, а также в применении масштабных линеек на картинках (см. рисунок ниже).
Ниже приведены некоторые изображения колоний нейронных стволовых клеток, сделанных с помощью программного обеспечения Altami Studio. Широкий динамический диапазон камеры в сочетании с соответствующей совместимостью позволяет получать четкие яркие изображения и светлые изображения клеток в культуре при помощи камеры.
Вышеприведенные снимки были сделаны с помощью авторежима всех настроек. Они показывают, насколько хорошо программное обеспечение может адаптироваться к различным уровням света, попадающего в камеру.
Программное обеспечение также позволяет пользователям сохранять файлы в различных форматах, включая TIFF, BMP и JPEG, а также в собственном формате Altami.
Фильтры и панорама
Одной из функций, которая используется в микроскопии, является возможность применения различных фильтров к изображениям по мере необходимости. В программное обеспечение входит пакет заранее установленных фильтров. В зависимости от типа камеры, можно использовать Цветные или Полутоновые преобразования. Существует также возможность создавать определяемые пользователем фильтры, которые мы не тестировали, но будет интересно посмотреть, как это работает. Масштабная линейка позволяет редактировать шрифты, а также размер шкалы.
Наконец, одним из вариантов, который применим для микроскопии является возможность соединить вместе изображения, полученные с различных ракурсов, для создания увеличенного изображения всего поля. Это может быть сделано с помощью Панорамы, которую можно найти в Инструментарии. В этом отношении приложение превосходит другие программы. Ниже приведен пример одного из таких изображений, которое мы смогли с легкостью захватить в течение нескольких минут из отдельных панелей, расположенных в левой части изображения. Одной из опций также является Мультифокус, которая подойдет для 3D конструкций.
Заключение
Опыт использования программного обеспечения приятно удивил, в частности тем, насколько хорошо ПО взаимодействует с 3D камерой. С данным программным обеспечением работать — одно удовольствие, оно позволяет совершить плавный захват микроскопических изображений в условиях научно-исследовательской лаборатории. Мы высоко ценим поколение этого программного продукта и рекомендуем его любому пользователю без каких-либо оговорок. Мы надеемся, что компания продолжит работать над программным обеспечением и оказывать постоянную поддержку.